In het najaar kunnen er klachten optreden die lijken op hooikoorts. Schimmelsporen zijn afkomstig van soorten die een rol spelen bij de afbraak van afgevallen plantenmateriaal; berucht zijn Cladosporium en Alternaria, die grote hoeveelheden sporen in de lucht brengen. Ook de vele paddestoelen die na een flinke hoeveelheid neerslag en wat hogere temperaturen zich vertonen kunnen grote hoeveelheden basidiosporen afgeven. Denk aan zwammen als de Aardappelbovist en dergelijke waaruit, als je er op trapt, hele wolken met miljoenen sporen tevoorschijn kunnen komen. Schimmelsporen zijn kleiner dan pollen en dringen dieper door in de longen. Mensen kunnen er met hooikoortsachtige klachten op reageren.
Ook schimmels in huis kunnen bij hoge luchtvochtigheid voor overlast zorgen door de afgifte van sporen. Het is dan ook zaak om de luchtvochtigheid in huis laag te houden zodat deze schimmels voor minder overlast zorgen. Ook zijn vaak bouwkundige maatregelen nodig om vochtige ruimtes droog te krijgen en te houden en zo schimmels te weren.
Het laag houden van de Relatieve Vochtigheid is aan te raden. Immers in het najaar, vooral doordat de lucht buiten vaak heel vochtig is, dreigt ook binnenshuis de Relatieve Luchtvochtigheid hoog te worden. Daarvan profiteren huisstofmijten. Deze gedijen erg goed bij Relatieve luchtvochtigheden van boven de 55%. De afvalstoffen van deze minuscule dieren, die nogal eens aangetroffen worden op matrassen, veroorzaken bij een aantal mensen hooikoortsachtige klachten. Houdt door goed te stoken, zeker ook in de slaapkamer, de relatieve Luchtvochtigheid onder de 55% liefst zelfs onder de 45%. Huisstofmijten kunnen daar niet tegen. Lucht het bed en de slaapkamer zo kort mogelijk tijdens een droge ochtend. Onderdruk de neiging om weinig of niet te stoken nu de energieprijzen zo hoog zijn. Gezondheid gaat vóór de portemonnee.
Van een beperkt aantal planten komt nog pollen vrij in de lucht. Ceders, statige bomen in parken en grote tuinen, vaak bij kerken en kloosters aangeplant, bloeien in de herfst en geven dan lokaal veel geelkleurig pollen af. Dit pollen is matig allergeen en een klein aantal mensen reageert op dit stuifmeel.
Tenslotte bloei nog een enkel grasexemplaar dat toe is aan zijn tweede bloei, waardoor er nog sporadisch wat graspollen in de lucht kan zijn van bijvoorbeeld een enkele bloeiende Kropaar en Glanshaver. Ook het hele jaar doorbloeiende Straatgras brengt wat pollen in de lucht.
